Pada dasawarsa 1980 - 1989, terjadi dua kali pergantian kepemimpinan. Setelah memimpin ITA selama 11 tahun (1969 - 1980), Pdt. Baring L. Yang (almarhum) pada tanggal 15 Januari 1980 mengundurkan diri dari jabatan Rektor ITA. Pengunduran diri Pdt. Baring L. Yang tersebut dikarenakan faktor usia dan kondisi kesehatan beliau yang makin menurun. Kekosongan jabatan rektor ITA kemudian diisi oleh Bpk. Prof. J.F. Tahalele M.A. (almarhum) yang diangkat sebagai pejabat sementara Rektor ITA pada 18 Maret 1980. Upacara pelantikan tersebut dihadiri oleh Dewan Kurator ITA dan dalam melaksanakan tugasnya di ITA, beliau didampingi oleh Pdt. Daniel Tanaja, B.Sc. sebagai pembantu rektor.

Setelah memimpin ITA selama 5 tahun, Bpk. Prof. J.F. Tahalele, M.A. kemudian digantikan oleh Pdt. Peterus Pamudji, Ph.D. yang baru menyelesaikan studinya di Drew University - Amerika. Acara serah terima jabatan tersebut diadakan pada tanggal 26 Agustus 1985 dan dihadiri oleh anggota Dewan Kurator, para dosen, mahasiswa dan undangan lainnya.

Dalam sambutan serah terima jabatan itu, Bpk. Prof. J.F. Tahalele, M.A. mengatakan bahwa pembangunan di ITA harus terus dijalankan. Pembangunan yang dimaksud bukan hanya dalam pengertian fisik tetapi juga spiritual dan intelektual. Beliau mengatakan lebih lanjut bahwa dalam hubungan ini Tuhan memang tidak menjanjikan lautan yang teduh bagi biduk kita, namun Tuhan menjanjikan bahwa biduk itu pasti akan tiba di pelabuhan yang tela ditetapkan-Nya. Sementara itu Pdt. Peterus Pamudji, Ph.D. dalam sambutannya mengatakan bahwa memang pembangunan harus terus dijalankan di ITA untuk menyesuaikan diri dengan perkembangan yang ada. Namun diingatkan juga bahwa pembangunan itu adalah Tuhan sendiri, bukan manusia, kita hanya alat di tangan-Nya, karena itu tidak ada alasan bagi kita untuk menyombongkan diri.